Keberadaan Taman Nasional di Maluku dan Papua adalah khas, karena kedua wilayah ini jenis Flora dan Faunanya memiliki ciri Australia, walaupun untuk tumbuhan prosentase ciri Asia masih dominan namun jenis Faunanya lebih dominan Australis. Kecuali Untuk Maluku terutama Maluku Utara masih ditemukan fauna berciri peralihan dan endemik misalnya Babi rusa dan Anoa. Namun untuk Maluku Selatan dan Papua lebih banyak ditemukan fauna berciri Australis misalnya Kanguru Pohon, Walabi, Burung Cendrawasih, Kuskus, Tikus berkantung dan lain sebagainya. Garis pemisah Zoogeografis Wallace, Weber dan Leddeker dibuat untuk membedakan penyebaran Fauna Asia, peralihan dan Australia.

Papua merupakan wilayah zoogeografis Indonesia yang dulu pernah menyatu dengan benua Australia, oleh karena itu ada kesamaan fauna diantara kedua wilayah ini. Perbedaan mendasarnya setelah keduanya terpisah pada zaman es jutaan tahun yang lalu, Australia masih merupakan sebuah massa benua sedangkan Papua merupakan pulau terpisah yang tercatat sebagai Pulau Paling besar dan terluas di dunia. Namun Australia yang memiliki wilayah cukup luas , bentang daratannya relatif rendah dan tidak memiliki gunung-gunung yang tinggi. Puncak gunung tertinggi di benua ini adalah Gunung Konsciosko yang tinginya hanya 2211 m diatas permukaan laut. Bandingkan dengan Papua yang memiliki Gunung-gunung tinggi diatas 4000 m, misalnya Puncak Jaya (5030 m), Puncak Trikora (4750 m), Puncak Mandala (4700 m) Puncak Yamin (4550 m) dan puluhan gunung lainnya setinggi lebih dari 3500 m.

Keberadaan gunung-gunung tinggi di Papua yang terletak di daerah Tropis menyebabkan beberapa puncaknya tertutup Salju. Sebelum tahun 1970, Tiga puncak gunung di Papua berselimutkan salju abadi yaitu Puncak Jaya, Puncak Trikora dan Puncak Mandala, namun kini yang tersisa hanya Puncak Jaya saja. Semakin berkurangnya salju di Puncak Jaya sangat mengkuatirkan, karena Indonesia tidak akan lagi memiliki titik yang berselimutkan salju abadi. Pemanasan Global dan kerusakan lingkungan di bagian kaki pegunungan Jaya Wijaya diduga menjadi penyebabnya. Aktifitas penambangan Tembaga yang dilakukan Freefort di punggung pegunungan ini menyebabkan es di puncaknya terus mencair dari tahun ke tahun. Oleh karena itu pemerintah perlu mempertimbangkan lagi perpanjangan kontrak penambangan Tembaga di tempat ini kalau memang terbukti benar sebagai penyebanya.

Walaupun Papua merupakan Pulau yang luas dan memiliki tingkat kepadatan penduduk yang rendah dengan populasi yang sedikit, tetap penetapan Taman Nasional wajib dilakukan untuk menjaga dan melindungi wilayah Papua yang kaya akan keanekaragaman hayati. Keberadaan Taman Nasional ini akan bermanfaat untuk kelestarian dan kelangsungan kehidupan Flora dan Fauna di Pulau paling Timur Indonesia ini. Berikut ini adalah daftar nama Taman Nasional yang ada di Maluku dan Papua.

1. Taman Nasional Manusela

  • Letak geografis : berada di Pulau Seram, Provinsi Maluku
  • Luas : 189.000 Ha, terdiri dari hutan mangrove, hutan pantai, hutan dataran rendah, hutan sub pegunungan, dan hutan pegunungan
  • Flora : Tancang, Bakau, Api-api, Meranti, Kayu raja
  • Fauna : Biawak, Soa-soa, Ikan Duyung dan Penyu

2. Taman Nasional Teluk Cendrawasih

  • Letak geografis : berada di wilayah perairan Teluk Cendrawasih, Provinsi Papua
  • Luas : 1.453.500 Ha merupakan tipe ekosistem pantai dan perairan laut yang terdiri dari terumbu karang
  • Flora : Rumput laut
  • Fauna : Penyu, Kima, Ikan Hiu Paus (Geger Lintang)

3. Taman Nasional Wasur

  • Letak Geografis : berada di kabupaten Merauke, Provinsi Papua
  • Luas : 308.000 Ha terdiri dari hutan rawa, hutan musim, hutan pantai dan padang rumput
  • Flora : Tancang, Bakau, Api-api, Meranti dan Kayu raja
  • Fauna : Kanguru, Walabi, Burung dara mahkota dan Kasuari

4. Taman Nasional Lorenz

  • Letak Geografis : berada di Pegunungan Jayawijaya, Provinsi Papua
  • Luas : 2.505.600 Ha, merupakan kawasan perlindungan yang paling efektif di dunia karena sifatnya yang unik dan keindahan alamnya yang mempesona dan terdapat salju abadi
  • Flora : memiliki kekayaan flora yang beragam dan unik
  • Fauna : Burung Cendrawasih, Burung kakatua, Kanguru Pohon, Kasuari dan Burung Dara Mahkota

5. Taman Nasional Akatajawe Lolobata

  • Letak Geografis : terletak di Pulau Halmahera, Provinsi Maluku Utara
  • Luas : 167.300 Ha merupakan ekosistem hutan pegunungan rendah
  • Flora : mangrove
  • Fauna : Kuskus, Bidadari Halmahera